Située près de Sens, le territoire de la commune de Nailly s'étend sur 2161 hectares et regroupe 9 hameaux. Ceux-ci, d'inégale importance, représentent environ les deux cinquième des 1181 habitants (recensement de 2006). Le bourg est situé sur l'adret d'un vallon au fond duquel coule le ru des Salles, petit affluent de 1^ere catégorie de l'Yonne.

La gare de Sens est accessible sans avoir à passer en ville. L'école primaire et la salle polyvalente sont situées dans un bâtiment moderne près de l'église. Un syndicat à vocation scolaire (SIVOS) gère le regroupement scolaire (maternelle et primaire) des communes de Courtois et de Nailly. Il fait fonctionner la cantine, la garderie et l'étude surveillée. Les commerces de proximité et les nombreux artisans permettent de subvenir aux besoins ordinaires des habitants. Nailly fait partie du SIVOM du Gâtinais et de la Communauté de communes du Gâtinais. Un médecin généraliste a son cabinet au centre du bourg. Les diverses associations offrent des activités sportives, culturelles et de loisirs pour tous les âges.